そのため、残業を自己申告制としている会社において、当該社員に、会社が所定の労働時間内に終えることができないような業務を与えていた場合、個々の社員の判断と裁量において残業がされており、社員が残業をした際に申告をしていなかったなど会社所定の手続を取っていなかった事情があるとしても、当該残業が労働時間であることを否定すべきであるとはいえないとして残業についての割増賃金等の支払い義務を認めた裁判例があります。

 このように、社員が残業の申告をしていなくても、会社がこれを知っていて黙認している場合には、会社による黙示の指揮命令下で残業をしていたものと考えられ、会社に対して割増賃金等の支払い義務が認められる場合がありますので、注意が必要です。

 無駄な残業を減らすため、会社が採るべき方策としては、まずは、各部署の業務量や要員配置について改めて検討し、会社の業務体制が残業を前提としたものとなっていないか見直すことが必要となります。また、残業について社員の申告に委ねる自己申告制ではなく、事前に上司による残業命令がなければ残業を認めない事前命令制にしたり、事前の命令なく行う残業については、帰宅を促すために指導したりするなどして、無駄な残業や無申告残業を防止することが考えられます。